实际上宇智波斑早已被木叶所有的族qun孤立了起来。除了柱间支持斑做火影，其余木叶隐村所有族qun的村民都支持柱间来做火影。
兄弟二人这一番话被宇智波斑听到，一片“木叶”也被斑丢弃在窗口.....
就这样，柱间成为了火之国木叶隐村的初代目火影，弟弟扉间成为了柱间的左膀右臂。为防止柱间过于天真、对人总是过于宽容造成一些对村子不利的事，因此，火影的大权掌握在弟弟扉间的手中。
柱间在位期间，扉间和他是完美搭档，他们之间的组合，一个拥有绝对的实力和美好的畅想，一个拥有将其实现的头脑。
挽回行动
在斑离开村子之际，柱间对宇智波斑百般挽留，他告诉斑他视斑为火影的左膀右臂，是柱间的兄弟，希望斑能够辅佐他，总有一天民众会发现斑的优点，到时候斑就是第二代火影，然而斑早就预料到在千手柱间死后继承火影大位的绝对是千手扉间，那样宇智波一族有朝一日必定会被抹杀，斑明白这点，所以号召宇智波族人跟自己离开村子，却没有一个人愿意追随斑。斑清楚除了柱间没有人能和他坦诚相待。随后斑询问柱间愿意为了村子割舍扉间还是斑，柱间犹豫了，因为斑足够了解柱间，知道这是柱间的底线，因此，宇智波斑坚持离开木叶，寻找自己想要的“真正的和平”。后来斑人间蒸发，没有人再听到过他的消息。
五影会谈
接着，在初步建立五大国之后，为解决讨论尾兽分配问题，柱间邀请各国四影参与史上前所未有的“第一次五影大会”，期间由弟弟扉间担任柱间的护卫。
在会议中柱间听从弟弟扉间以金钱换尾兽的提议，将九个尾兽平均分配给五大国，因此，使五影缔结了忍界第一份和平协议，在这片土地上第一次实现了全面和平。
但这份和平是有期限的，那就是柱间的寿命，一旦柱间死去，各国没有了顾忌，第一次忍界大战也就爆发了。
终结之战
若干年后，斑突然回来向木叶发起袭击，斑企图摧毁自己曾经与柱间一起建立的村子，柱间为了保护村子ting身而出与斑展开激烈的对战。斑利用写轮眼的强大瞳力操纵着尾兽中战斗力最强的九尾与千手柱间决斗，而千手柱间则以仙人模式下的木遁忍术与之应战。
这场惊天动地的战斗后来被刻印在世人的记忆中，夜以继日的战斗改变了战场的地形。最后柱间终于将斑击败，并杀死曾经的朋友，暂时守护木叶的和平，这个大峡谷在后来都被世人称为终结之谷。
木叶为了纪念此次大战为二人建造了屹立在终结之谷两岸的雕像。
柱间遭到泷隐村精英忍者角都的暗杀，柱间以木遁秘术轻松压制角都，并让角都陷入苦战，由于柱间心慈手软，因此放过了角都。
生死之谜
漫画中并没有明确说明柱间的死因，但纲手曾说。柱间与扉间两人都是为了保护村子牺牲。
中忍考试
在木叶毁灭行动中，被大蛇丸以秽土转生的形式复活，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。
在战斗过程中，柱间使用木遁秘术与猿飞日斩展开激烈的战斗，由于两人是秽土身躯拥有不死身，所以只能用封印术，或用武力禁锢他们的动作，于是三代火影使用尸鬼封尽将两位火影的灵魂和大蛇丸的双手一同封印，自己也因此牺牲。
忍界大战
秽土转生
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影。在佐助询问柱间“什么是忍者”、“什么是村子”的问题之后，佐助明白鼬正是继承了千手柱间火的意志，决定继承哥哥的遗愿，阻止宇智波斑、宇智波带土的月之眼计划。大蛇丸既是为了观察佐助、也为了自己的存亡，决定协助佐助。至此，火之国的四位火影正式参战。
柱间奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，柱间已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。随后柱间使用木遁木分身分出五个木分身，分别带领着忍者联军前往四赤阳阵结界的四面为忍者联军打开结界的出入口，为给忍者联军留出最佳的攻击时间，柱间使用明神门压制十尾的头部，以便于忍者联军进入结界近距离攻击十尾。随后，柱间的分身来到斑的面前，然而斑却并不想和柱间的分身打，而要等柱间的本体过来，于是，斑坐在地上，只开启须佐能乎第一阶段的下半身手持查克拉刀劈开了柱间的分身。随后柱间自豪的笑了，看到春野樱使用的忍术，初代火影称赞这种惊人的怪力说不定比纲手更胜一筹。随后，为了阻止十尾分裂体的行动，柱间将手臂变为树藤束缚住十尾分裂体。此时带土从神威异空间返回掉落在地上，斑看到带土濒临死亡的样子后，改变了之前的计划，因为斑原本打算在自己成为十尾人柱力之前要与柱间较量一番，但此时的带土已经没用，于是斑只好单手结印施展出轮回天生之术。
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